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我院藥劑科組建于1934年，是集藥學服務、科研、教學和管理為一體的科室，目前下設藥庫、門急診藥房、中藥房、中心藥房、靜脈藥物配置中心、臨床藥學室、紅谷灘門診中西藥房、北院藥房、眼科藥房、顆粒劑藥房、九龍湖藥房、血藥濃度監測室等部門。為提升患者的就診體驗，我院藥劑科積極引進全自動單劑量擺藥機及中藥顆粒劑等設備優化發藥流程，設立門診用藥咨詢窗口，解答患者用藥疑惑，減少藥品不良事件發生風險。我院藥劑科重視臨床藥學學科發展和臨床藥學服務工作，目前共有6名專職臨床藥師，分別涵蓋呼吸、腫瘤、ICU、內分泌、心內、神經內科6個臨床專科（或專業）。主要參與藥學查房、藥學監護及會診、藥物不良反應上報、藥物濃度監測、用藥教育、醫院合理用藥管理、科研和教學等工作。圍繞以患者為中心的服務理念，以“準確、高效、專業、優質”為服務目標，為臨床及廣大患者提供優質、安全、合格的藥品，提供個體化的臨床藥學服務。
科室共有正高主任藥師1名，副主任藥師3名，主管藥師47名，研究生學歷21人，江西省優秀藥師稱號6人，培訓江西省審方藥師17人。2012年獲批國家衛健委臨床藥師培訓基地，擁有國家衛健委臨床藥師培訓基地負責人1名，贛南醫學院兼職教授、入選江西省贛鄱人才庫1名，帶教師資4人，為各級醫療機構培養通科臨床藥師27人，同時為南昌大學、贛南醫學院、湖南醫學院、江西省中醫藥高專、撫州醫學院、南昌醫學院等大中專院校帶教實習生200余人。
藥劑科與南昌市心血管病精準防治重點實驗室開展多組學實驗研究。開展治療藥物監測，已開展抗癲癇藥物等藥物的血藥濃度監測，為個體化用藥提供指導。
藥劑科近三年參與的各項比賽屢創佳績，2020年榮獲江西省藥品不良反應監測先進單位、全國醫藥經濟信息網信息工作先進單位等榮譽；2021年榮獲第七屆MKM中國藥師職業技能大賽獎全國總冠軍并榮獲“優秀組織單位獎”、藥學服務經典案例江西區域評選大賽一等獎；2021年江西省藥品不良反應監測工作先進單位；榮獲第六屆中國臨床合理用藥大會三等獎；第十一屆治療藥物監測學術年會優秀壁報獎；2021年度江西省臨床藥師高峰論壇優秀論文一、二等獎；2022年藥立方抗感染案例江西賽區一等獎、榮獲全國“藥學服務優秀案例”；2022年健康進萬家科普比賽獲江西總決賽二等獎，入圍健康促進公益行星藥師科普行動Top20，獲優秀星藥師團隊及科普之星稱號；2022年 ACCP名古屋藥學大會最佳壁報獎；2022年江西省臨床藥師高峰論壇優秀論文二等獎、優秀獎。2023年藥學服務經典案例江西區域評選二等獎。共承擔省部級項目和市廳級項目20余項，發表SCI論文6余篇，中文核心論文10余篇，國家級論文30余篇。
藥劑科將立足科室發展，以“人才興科、服務立科、品質建科、科教強科”的目標，科學規范管理好藥品，堅持不斷提升臨床藥學服務水平，協助臨床為患者提供“量體裁衣”式的個體化給藥服務，為保障患者用藥療效和安全貢獻藥學力量。